El endoscopio, una sonda flexible que tiene una cámara de video, una fuente para iluminar, un conducto para introducir aire o agua y un conducto por donde se pueden introducir pequeños instrumentos o aspirar líquidos o secreciones, se introduce en forma dirigida a través de la boca, la garganta (faringe), el esófago y el estómago hasta el duodeno (porción inicial del intestino delgado).

Regularmente se aplica un aerosol anestésico en la garganta, que puede causar mal sabor y sensación de irritación o náusea que generalmente pasa muy pronto.

Se administra vía intravenosa un sedante que lo mantendrá tranquilo, relajado, adormecido, para calmar la ansiedad que puede producir el examen y disminuir la náusea.

También se pueden aplicar analgésicos potentes para evitar que usted tenga dolor.

Para su mayor seguridad, se monitorizan sus signos vitales como el pulso, presión arterial y la oxigenación de su sangre. También se puede administrar oxígeno por unos tubitos junto a la nariz o por una mascarilla.

En algunos casos, especialmente si hay condiciones o riesgos mayores a lo habitual, la sedación y vigilancia las podrá hacer un anestesiólogo.

Se le colocará una boquilla entre los dientes o las encías, para evitar que muerda o dañe el endoscopio.

En algunos casos especiales se le podrá administrar anestesia general o colocar un tubo de plástico en la tráquea para asegurar su respiración y proteger a las vías respiratorias de la entrada de flemas, sangre, líquidos o alimentos provenientes del tubo digestivo. Usualmente, a menos de que no sea posible o que por circunstancias especiales se requiera, usted permanecerá recostado sobre su lado izquierdo.

A través del endoscopio se introduce aire para expandir las regiones a explorar y se observa detenidamente cada segmento. Se podrían tomar fotografías de las partes o lesiones que se consideren más importantes fundamentar ó mostrarle después por medio de video.

Si se considera necesario se toman muestras (biopsias) para ser analizadas posteriormente por un patólogo (un especialista en análisis de tejidos). La toma de biopsias no causa dolor.

En el sitio de la toma puede haber un muy ligero sangrado que normalmente se detiene solo.